Los estudios primarios tuvieron cumplimiento en la Escuela de los Hermanos Cristianos, los secundarios en el Colegio Bernardo Valdivieso y universitarios en la Universidad Central del Ecuador, donde obtuvo el título de Doctor en Medicina y Cirugía. Ingenioso desde la infancia, Isidro Ayora Cueva se perfilaba al futuro como un buen lider de organizaciones.
Ya un profesional, el ilustre lojano, fue nombrado Decano de la Facultad de Medicina en Quito, Fundador y Director del Colegio de Enfermeras, Presidente de la Cruz Roja y Rector de la Universidad Central. Su preparación intelectual, la rectitud de sus procedimientos públicos y el aprecio ganado en todas las esferas sociales, sirvieron para su designación como Presidente Constitucional de la República del Ecuador, para el período (1926 - 1931).
Como Jefe de Estado, Isidro Ayora Cueva, creó algunas entidades, como: la Superintendencia de Bancos, Procuradoría General de la Nación, Banco Central, Banco Hipotecario, Caja de Pensiones, Servicio Geográfico Militar, Conservatorio de Música, Dirección General de Aduanas, entre otras. También se preocupó por la salud, vialidad y educación. Murió a los 99 años de edad en la ciudad de los Ángeles, California, el 23 de marzo de 1978.